Sự nổi tiếng ngày càng tăng của hình ảnh Đức Mẹ Guadalupe đã dẫn đến một sự quan tâm song song dành cho Juan Diego. Vào năm 1666 Giáo hội, với mục đích thiết lập một ngày lễ dành cho ông ta đã bắt đầu thu thập thông tin từ những người đã quen biết với Juan Diego. Vào năm 1723 một cuộc điều tra chính thức cuộc sống của ông được thực hiện, nhiều thông tin đã được thu thập. Năm 1987, dưới triều Giáo hoàng John Paul II, người có mối quan tâm đặc biệt với các vị thánh và người Công giáo ngoài châu Âu, đã thành công trong việc đề nghị Bộ phong thánh suy tôn Juan Diego lên hàng đáng kính. Vào ngày 06 Tháng 5 năm 1990, ông được phong chân phước bởi chính Joh Paul II trong Thánh lễ tại Vương cung thánh đường Đức Mẹ Guadalupe ở thành phố Mexico và được tuyên bố "là người bảo vệ và bênh vực của các dân tộc bản địa", với ngày lễ kính là ngày 09 tháng 12.

Thời điểm này, các sử gia và các nhà thần học đã bắt đầu đặt câu hỏi về mức độ tin cậy trong các bằng chứng về Juan Diego. Không có bất cứ dòng nào đề cập đến Juan hay sự việc kỳ lạ mà anh ta gặp trong các tác phẩm của Giám mục Zumárraga dòng Phanxicô, mặc dù trong bản viết tay của ông có nói đến bức vẽ kỳ lạ. Trong các bản ghi của cuộc điều tra mà Giáo hội tiến hành năm 1556 cũng bỏ qua những thông tin về người này. Và cũng không phải bất cứ một tài liệu nào khác nói đền sự tồn tại của 1 người tên là Juan Diego cho đến giữa thế kỷ 17.

Những nghi ngờ trên thực tế không phải mới được nêu ra. Ngay từ năm 1883 Joaquín García Icazbalceta, sử gia và người viết tiểu sử của Zumárraga, trong một văn bản mật về Đức Mẹ Guadalupe gửi cho Giám mục Labastida, đã rất do dự khi chứng minh các câu chuyện về cuộc hiện ra và nói kết luận của ông rằng hoàn toàn không có một người đàn ông[19]. Gần đây nhất là năm 1996, Giám đốc của Vương cung thánh đường Guadalupe, Guillermo Schulenburg, ở tuổi 83 tuổi và sau 33 năm phục vụ đã buộc phải từ chức sau một cuộc phỏng vấn với tạp chí Công giáo Ixthus, khi ông nói rằng Juan Diego là "một biểu tượng chứ không phải là một thực tế"[20]. Sau đó ông còn viết thư cho Giáo hoàng Gioan Phaolô II khuyên ngài đừng phong thánh cho Juan Diego vì cho rằng không có đủ chứng cớ rõ ràng về cuộc đời vị này. Theo Schulenburg, huyền thoại Juan Diego được dựng lên để an ủi người thổ dân da đỏ mà địa vị kinh tế và xã hội trong thế kỷ 16 thấp hơn so với người Mexico da trắng, có tổ tiên là người Tây Ban Nha [21].

Năm 1995, trong quá trình tiến hành phong thánh cho Juan Diego, Xavier Escalada, một linh mục dòng Tên đang viết một bách khoa thư về huyền thoại Guadalupe, đã cho công bố 1 tấm giấy bằng da (Codex Escalada) với những hình vẽ minh họa cuộc đời của Juan Diego và biến cố gặp gỡ Đức Trinh Nữ trong hào quang ánh sáng. Tài liệu quan trọng này đã được vẽ trong khoảng năm 1548, thời điểm mà những nhân chứng có thể đã biết đến Juan Diego. Đồng thời nó mang chữ ký của 2 học giả nổi tiếng ở thế kỷ 16 là linh mục Antonio Valeriano và Bernardino de Sahagun. Do đó nội dung của nó được xem là đáng tin cậy[22].

Tuy vậy một số học giả vẫn còn hoài nghi, mô tả hình ảnh trên cuộn giấy da "giống với hình ảnh Thánh Phaolô gặp Chúa Kitô trên đường Damascus, được vẽ bởi Thánh Luca và chữ ký của St Peter hơn là mô tả về Juan Diego"[23]. Linh mục Fidel Gonzalez, một thành viên trong ủy ban Toà Thánh có nhiệm vụ tìm hiểu về cuộc đời của Thánh Juan Diego đã kết luận là không thể phủ nhận Juan Diego là nhân vật có thật. Cuối cùng, các Giám mục Mexico cho hay, Toà Thánh xác nhận 1 phép lạ đã xảy ra qua lời cầu bàu của Thánh Juan Diego khiến cho một thanh niên người Mexico đã được chữa lành sau khi sọ bị vỡ vì lao mình từ một cái tháp cao dưới ảnh hưởng của bia rượu[21]. Năm 2002, Gioan Phaolô II, trong chuyến thăm Ðền Thánh Guadalupe lần thứ năm, đã cử hành Lễ Phong Thánh cho Juan Diego.